ԽՍՀՄ-ի փլուզումից հետո Լեռնային Ղարաբաղի շուրջ հակամարտությունը վերածվեց բացահայտ պատերազմի։ 1991 թվականի նոյեմբերին Ադրբեջանը վերացրեց մարզի ինքնավարությունը, իսկ դեկտեմբերին Լեռնային Ղարաբաղում անցկացվեց անկախության հանրաքվե։ 1992 թվականի ձմռանը Ստեփանակերտը ենթարկվում էր ծանր հրետակոծության։ Պատերազմը ողբերգական էր երկու կողմի խաղաղ բնակիչների համար։ 1992 թվականի փետրվարին Խոջալուի գրավման ժամանակ զոհվեցին բազմաթիվ ադրբեջանցի խաղաղ բնակիչներ, իսկ ապրիլին Մարաղա գյուղում սպանվեցին տասնյակ հայ խաղաղ բնակիչներ։
1992 թվականի մայիսին հայկական ուժերը վերցրին Շուշին, իսկ շուտով՝ Լաչինը, ինչը ցամաքային կապ բացեց Լեռնային Ղարաբաղի և Հայաստանի միջև։ Ամռանը ադրբեջանական զորքերի հարձակման հետևանքով կորսվեցին Շահումյանի շրջանը և Մարտակերտի մեծ մասը, և հազարավոր հայեր դարձան փախստական։ 1993 թվականին հայկական ուժերը վերահսկողություն հաստատեցին Լեռնային Ղարաբաղի շրջակա մի քանի շրջանների վրա, որտեղից տեղահանվեցին հարյուր հազարավոր ադրբեջանցիներ։ ՄԱԿ-ի Անվտանգության խորհուրդը 1993 թվականին ընդունեց չորս բանաձև՝ պահանջելով դադարեցնել ռազմական գործողությունները և դուրս բերել զորքերը գրավված շրջաններից։ 1994 թվականի մայիսի 12-ին Ռուսաստանի միջնորդությամբ ուժի մեջ մտավ հրադադարը։ Պատերազմը խլեց տասնյակ հազարավոր մարդկանց կյանք, իսկ 1988–1994 թվականներին երկու կողմից իրենց տներից զրկվեց ավելի քան 1 միլիոն մարդ։
Պատերազմի տարիներին Ադրբեջանը փակեց Հայաստանի հետ սահմանն ու երկաթուղին, իսկ 1993 թվականին Թուրքիան նույնպես փակեց սահմանը։ Վրաստանով անցնող գազամուղը բազմիցս պայթեցվում էր։ 1992–1995 թվականներին Հայաստանն ապրեց ծանր էներգետիկ ճգնաժամ։ Տները ձմռանը մնում էին առանց ջեռուցման, էլեկտրաէներգիան տրվում էր օրական 1–2 ժամ, մարդիկ վառելիքի համար հատում էին ծառերը, իսկ հացը բաժանվում էր կտրոններով։ Մեծամորի ատոմակայանը, որը փակվել էր երկրաշարժից հետո, 1995 թվականին վերագործարկվեց։ Տնտեսական անկման և աղքատության պատճառով հարյուր հազարավոր մարդիկ արտագաղթեցին, հիմնականում Ռուսաստան։
Միևնույն ժամանակ ստեղծվում էին անկախ պետության հաստատությունները։ 1992 թվականին ձևավորվեց բանակը, և Հայաստանը դարձավ ՄԱԿ-ի անդամ, 1993 թվականի նոյեմբերին շրջանառության մեջ դրվեց ազգային դրամը, իսկ 1995 թվականին հանրաքվեով ընդունվեց Սահմանադրությունը։ Մասնավորեցվեցին հողը և ձեռնարկությունների մեծ մասը։ Ներքին քաղաքական կյանքը լարված էր։ 1996 թվականի նախագահական ընտրությունների արդյունքները վիճարկվեցին ընդդիմության կողմից, իսկ 1998 թվականին, Ղարաբաղյան կարգավորման շուրջ տարաձայնությունների ֆոնին, Լևոն Տեր-Պետրոսյանը հրաժարական տվեց։ Նախագահ ընտրվեց Ռոբերտ Քոչարյանը։
1999 թվականի հոկտեմբերի 27-ին զինված խումբը ներխուժեց Ազգային ժողով և սպանեց վարչապետ Վազգեն Սարգսյանին, խորհրդարանի նախագահ Կարեն Դեմիրճյանին և ևս 6 մարդու։ Այդ ողբերգությունը խոր ցնցում էր երկրի համար։ 2000-ական թվականներին տնտեսությունն աճեց, Երևանը արագ փոխվեց, զարգացավ զբոսաշրջությունը, իսկ սփյուռքի օգնությամբ կառուցվեցին ճանապարհներ ու դպրոցներ և վերանորոգվեցին եկեղեցիներ, այդ թվում Արցախում։ 2001 թվականին Հայաստանը դարձավ Եվրոպայի խորհրդի անդամ։ 2008 թվականի նախագահական ընտրություններից հետո մարտի 1-ին Երևանում ընդդիմության բողոքի ակցիաները վերածվեցին բախումների, որոնց ընթացքում զոհվեց 10 մարդ։ Նախագահ դարձավ Սերժ Սարգսյանը։ 2009 թվականին Թուրքիայի հետ ստորագրված՝ հարաբերությունների կարգավորման արձանագրությունները այդպես էլ չվավերացվեցին, իսկ 2015 թվականին Հայաստանը միացավ Եվրասիական տնտեսական միությանը։
1994 թվականից հետո Լեռնային Ղարաբաղի Հանրապետությունը գործում էր որպես միջազգայնորեն չճանաչված պետություն՝ սեփական ընտրություններով ու հաստատություններով, սերտորեն կապված Հայաստանի հետ։ Կարգավորման բանակցությունները ընթանում էին ԵԱՀԿ Մինսկի խմբի շրջանակում, որի համանախագահներն էին Ռուսաստանը, ԱՄՆ-ն և Ֆրանսիան, բայց համաձայնություն ձեռք չբերվեց։ Շփման գծում հրադադարը հաճախ էր խախտվում։ 2016 թվականի ապրիլի 2-ին ադրբեջանական զորքերը լայնածավալ հարձակում սկսեցին, և չորս օր տևած մարտերից հետո՝ ապրիլի 5-ին, Մոսկվայում հրադադար պայմանավորվեց։ Երկու կողմից զոհվեց մոտ 200 զինծառայող և խաղաղ բնակիչ, իսկ ադրբեջանական կողմը վերահսկողություն հաստատեց մի քանի դիրքերի ու բարձունքների վրա։
2015 թվականի սահմանադրական փոփոխություններով Հայաստանն անցավ խորհրդարանական կառավարման։ 2018 թվականի ապրիլին, երբ նախագահի պաշտոնավարման ժամկետը լրացած Սերժ Սարգսյանն ընտրվեց վարչապետ, Նիկոլ Փաշինյանի գլխավորությամբ սկսվեցին խաղաղ զանգվածային բողոքի ակցիաներ՝ քայլերթեր, փողոցների փակումներ և հանրահավաքներ։ Ապրիլի 23-ին Սարգսյանը հրաժարական տվեց, մայիսի 8-ին Ազգային ժողովը վարչապետ ընտրեց Փաշինյանին, իսկ դեկտեմբերի արտահերթ ընտրություններում նրա դաշինքը ստացավ ձայների մոտ 70 տոկոսը։ Այս իրադարձությունները հայտնի դարձան որպես «թավշյա հեղափոխություն» և ծնեցին մեծ սպասելիքներ։ Սակայն Ղարաբաղյան հակամարտությունը մնում էր չլուծված, և 2020 թվականին այն կրկին վերածվեց պատերազմի։
