После распада СССР конфликт вокруг Нагорного Карабаха перерос в открытую войну. В ноябре 1991 года Азербайджан упразднил автономию области, а в декабре в Нагорном Карабахе прошёл референдум о независимости. Зимой 1992 года Степанакерт подвергался тяжёлым обстрелам. Война была трагедией для мирных жителей обеих сторон. В феврале 1992 года при взятии Ходжалы погибло много азербайджанских мирных жителей, а в апреле в селе Марага были убиты десятки армянских мирных жителей.
В мае 1992 года армянские силы взяли Шуши, а вскоре и Лачин, что открыло сухопутную связь между Нагорным Карабахом и Арменией. Летом в результате азербайджанского наступления были потеряны Шаумяновский район и большая часть Мартакерта, и тысячи армян стали беженцами. В 1993 году армянские силы установили контроль над несколькими районами вокруг Нагорного Карабаха, откуда были вынуждены уйти сотни тысяч азербайджанцев. В 1993 году Совет Безопасности ООН принял четыре резолюции, требовавшие прекратить боевые действия и вывести силы из оккупированных районов. 12 мая 1994 года при посредничестве России вступило в силу перемирие. Война унесла жизни десятков тысяч людей, а в 1988–1994 годах более 1 миллиона человек с обеих сторон лишились своих домов.
В годы войны Азербайджан закрыл границу и железную дорогу с Арменией, а в 1993 году границу закрыла и Турция. Газопровод, проходивший через Грузию, неоднократно взрывали. В 1992–1995 годах Армения пережила тяжёлый энергетический кризис. Зимой дома оставались без отопления, электричество давали по 1–2 часа в день, люди рубили деревья на дрова, а хлеб распределялся по талонам. Мецаморская атомная станция, закрытая после землетрясения, была вновь запущена в 1995 году. Из-за экономического спада и бедности сотни тысяч людей эмигрировали, в основном в Россию.
В то же время создавались институты независимого государства. В 1992 году была сформирована армия и Армения стала членом ООН, в ноябре 1993 года в обращение была введена национальная валюта — драм, а в 1995 году на референдуме была принята Конституция. Были приватизированы земля и большинство предприятий. Внутриполитическая жизнь была напряжённой. Итоги президентских выборов 1996 года оспаривались оппозицией, а в 1998 году на фоне разногласий по карабахскому урегулированию Левон Тер-Петросян ушёл в отставку. Президентом был избран Роберт Кочарян.
27 октября 1999 года вооружённая группа ворвалась в Национальное собрание и убила премьер-министра Вазгена Саркисяна, председателя парламента Карена Демирчяна и ещё 6 человек. Эта трагедия стала глубоким потрясением для страны. В 2000-е годы экономика росла, Ереван быстро менялся, развивался туризм, а при помощи диаспоры строились дороги и школы и восстанавливались церкви, в том числе в Арцахе. В 2001 году Армения стала членом Совета Европы. После президентских выборов 2008 года, 1 марта, протесты оппозиции в Ереване переросли в столкновения, в ходе которых погибли 10 человек. Президентом стал Серж Саргсян. Подписанные в 2009 году протоколы о нормализации отношений с Турцией так и не были ратифицированы, а в 2015 году Армения вступила в Евразийский экономический союз.
После 1994 года Нагорно-Карабахская Республика существовала как международно непризнанное государство со своими выборами и институтами, тесно связанное с Арменией. Переговоры об урегулировании велись в рамках Минской группы ОБСЕ, сопредседателями которой были Россия, США и Франция, однако соглашение достигнуто не было. Перемирие на линии соприкосновения часто нарушалось. 2 апреля 2016 года азербайджанские войска начали широкомасштабное наступление, и после четырёх дней боёв 5 апреля в Москве было согласовано прекращение огня. С обеих сторон погибли около 200 военных и мирных жителей, а азербайджанская сторона установила контроль над несколькими позициями и высотами.
В результате конституционных изменений 2015 года Армения перешла к парламентской форме правления. В апреле 2018 года, когда Серж Саргсян, чьи президентские сроки истекли, был избран премьер-министром, начались мирные массовые протесты во главе с Николом Пашиняном — шествия, перекрытия улиц и митинги. 23 апреля Саргсян ушёл в отставку, 8 мая Национальное собрание избрало Пашиняна премьер-министром, а на внеочередных выборах в декабре его блок получил около 70 процентов голосов. Эти события вошли в историю как «бархатная революция» и породили большие ожидания. Однако карабахский конфликт оставался неурегулированным, и в 2020 году он вновь перерос в войну.
