После сельджукских нашествий армянские князья и переселившиеся вместе с ними люди обосновались на северо-восточном побережье Средиземного моря — в Киликии и соседних областях, где армяне жили и прежде. Традиционно 1080 год считается годом, когда князь Рубен основал своё владение в горах Тавра. Его преемники, Рубениды, из горных крепостей Вахка и Пардзрберд постепенно спустились на равнину и овладели Аназарбой, Мамистрой и Тарсом (Тарсусом). Так сложилось княжество, которое почти три столетия оставалось центром армянской государственности.
В 1097–1098 годах через Киликию и области Евфрата прошли войска Первого крестового похода. Армянские князья снабжали их продовольствием, проводниками и воинами, а армянский правитель Эдессы (Урфы) Торос усыновил крестоносца Балдуина, который вскоре стал хозяином графства Эдесского. В следующем столетии армяне и пришедшие с Запада франки то вступали в союз, то враждовали, а между их знатными домами заключалось множество браков. Византия также стремилась подчинить Киликию: в 1137 году император Иоанн Комнин пленил князя Левона, умершего в Константинополе (Стамбуле), однако его сын Торос вскоре восстановил власть Рубенидов.
Своего расцвета княжество достигло при Левоне Великолепном, правившем с 1187 года. Искусной дипломатией он добился признания от императора Священной Римской империи и римского папы, а также от Византии. 6 января 1198 года в Тарсе он был коронован как армянский царь Левон I. Некоторые источники называют местом коронации Сис (Козан), а годом — 1199-й. Левон I (1198–1219) устроил государство по европейскому образцу своего времени, дал ряду придворных должностей франкские названия, предоставил торговые привилегии купцам Венеции и Генуи и сделал Сис своей столицей.
После смерти Левона I престол унаследовала его дочь Забел, второй муж которой Хетум I (1226–1270) стал основателем династии Хетумидов. В середине XIII века, когда монголы стали главной силой на Ближнем Востоке, Хетум I избрал путь союза с ними. Его брат Смбат Спарапет в 1247–1250 годах ездил в монгольскую столицу, а в 1254 году сам Хетум посетил в Каракоруме великого хана Мункэ. На время союз обеспечил защиту, но сделал Киликию врагом египетских мамлюков. В 1266 году мамлюкское войско разбило армян в битве при Мари, разорило Сис и другие города, а наследник престола Левон попал в плен.
Киликия была важным узлом средневековой торговли. Через порт Аяс (Юмурталык) проходили пути из Азии в Европу, здесь действовали фактории итальянских и французских купцов, а в 1271 году здесь побывал Марко Поло. Цари выдавали иноземным купцам грамоты, как, например, грамота царя Ошина купцам Монпелье 1307 года, а в стране чеканились серебряные и медные монеты с армянскими надписями. Процветала и культура: католикос Нерсес Шнорали (1102–1173) писал духовные песнопения и стихи, Мхитар Гераци — медицинские сочинения, Смбат Спарапет составил судебник и летопись. В католикосской резиденции Ромкла работал миниатюрист Торос Рослин, рукописи которого 1256–1268 годов считаются шедеврами армянского книжного искусства.
С конца XIII века положение Киликии осложнилось. Ильханы приняли ислам, и поддержка монголов ослабла, хотя Хетум II и его преемники пытались сохранить союз. В 1292 году мамлюки взяли Ромклу, и католикосат переместился в Сис. Надеясь на помощь Запада, двор искал сближения с Римско-католической церковью, однако решения Сисского (1307) и Аданского (1316) соборов вызвали раскол среди духовенства и в обществе, а военная помощь так и не пришла. С 1342 года престол перешёл к царям, связанным с кипрской династией Лузиньянов. В 1375 году мамлюки взяли Сис, и последний царь Левон V был уведён в плен в Каир.
Проведя несколько лет в плену, Левон V был освобождён, искал при европейских дворах поддержки для восстановления своего царства и умер в Париже в 1393 году. Его надгробие ныне находится в базилике Сен-Дени, рядом с гробницами французских королей. После падения Киликии оставшиеся там армяне продолжали жить в Сисе, Зейтуне (Сулейманлы) и других горных поселениях, а Киликийский католикосат существует и поныне, теперь в Антилиасе (Ливан). Киликийское царство стало последним средневековым армянским царством, а его литература, миниатюра и законодательство оставили глубокий след в армянской культуре.
