В середине XI века из Средней Азии на запад двинулись турки-сельджуки, которые в короткий срок овладели Ираном и Месопотамией. Их первые набеги на Армению начались ещё в 1040-х годах, когда был разорён торговый город Арцн близ Карина (Эрзурума). В 1064 году султан Алп-Арслан взял Ани, а в 1071 году в битве при Манцикерте разгромил византийскую армию и пленил императора Романа IV Диогена. После этого поражения восточная оборона Византии рухнула, и тюркские племена постепенно осели на Армянском нагорье и в Малой Азии.
Нашествия сопровождались разорением, угоном населения в плен и тяжёлыми налогами. Многие армянские князья со своими подданными переселились в Каппадокию, бассейн Евфрата и Киликию, где позднее возникло новое армянское государство. В самой Армении власть перешла к различным местным правителям: например, Ани с 1072 года управляли эмиры из курдской по происхождению династии Шаддадидов, при которых город сохранил торговое значение. Армянское царство Сюника просуществовало до 1170 года, а Кюрикиды Ташир-Дзорагета ещё долго удерживали часть своих владений.
В XII веке в регионе усилилось Грузинское царство. Давид IV Строитель (1089–1125) разбил сельджуков и в 1124 году ненадолго овладел Ани. При царице Тамар (1184–1213) грузинское войско возглавили братья-армяне Закаре и Иване Закаряны (в грузинских источниках — Мхаргрдзели). Закаре стал главнокомандующим — амирспасаларом, а Иване позднее получил титул атабега. Закаре оставался приверженцем Армянской апостольской церкви, тогда как Иване принял грузинское православие. В конце XII — начале XIII века братья освободили большую часть Северной и Центральной Армении, в том числе Ани (1199), Двин и Карс. Их владения входили в состав Грузинского царства, но пользовались широкой автономией.
Под покровительством Закарянов расцвели их вассальные княжеские дома: Орбеляны в Сюнике, Прошяны в Вайоц-Дзоре, Вачутяны и Гасан-Джалаляны в Арцахе. Оживились города, развернулась торговля, разбогатело купечество. В Ани купец Тигран Оненц в 1215 году построил церковь Святого Григория, интерьер которой украшен росписями. В Арцахе Гасан-Джалал возвёл собор Святого Иоанна Крестителя в Гандзасаре (1216–1238), а главная церковь Дадиванка была построена в 1214 году по заказу княгини Арзу-хатун.
В эту эпоху монастыри стали важными центрами образования и науки. В монастырях Ахпат и Санаин в Лори действовали школы, скриптории и книгохранилища, строились гавиты (притворы) и колокольни. Главная церковь монастыря Гегард была построена в 1215 году, а его высеченные в скале залы — позднее, в XIII веке, при покровительстве князей Прошянов. Агарцин, Кобайр, Ахтала и Кечарис — также известные памятники этого периода, в некоторых из них сохранились росписи, а искусство хачкара достигло высокого совершенства.
Одним из крупных мыслителей того времени был Мхитар Гош (около 1130–1213) — вардапет (церковный учитель), правовед и баснописец. В 1184 году он составил «Судебник» («Датастанагирк»), в котором наряду с церковными канонами были систематизированы нормы светского права. Впоследствии он применялся в Киликии и армянских общинах, а для армян Польши был переведён на латынь. В 1188 году Мхитар Гош основал в Тавуше монастырь Нор Гетик, который после его смерти стал называться Гошаванк. Его басни простым языком передают нравственные и общественные представления эпохи.
Расцвет власти Закарянов продолжался несколько десятилетий. В 1220-х годах через Армению прошли первые монгольские отряды, а затем войска хорезмшаха Джалал ад-Дина, опустошившие страну. В 1236 году монголы взяли Ани, и армянские и грузинские князья были вынуждены признать верховенство Монгольской империи. И всё же созданные при Закарянах монастыри, центры книгописания и правовая традиция стали той основой, на которой армянская культура продолжала жить и в последующие века иноземного владычества.
