11-րդ դարի կեսին Միջին Ասիայից դեպի արևմուտք շարժվեցին սելջուկ թուրքերը, որոնք կարճ ժամանակում տիրեցին Իրանին և Միջագետքին։ Նրանց առաջին արշավանքները Հայաստան սկսվեցին դեռ 1040-ական թվականներին, երբ ավերվեց Կարինի (Էրզրում) մոտ գտնվող Արծն առևտրական քաղաքը։ 1064 թվականին սուլթան Ալփ Արսլանը գրավեց Անին, իսկ 1071 թվականին Մանազկերտի ճակատամարտում ջախջախեց բյուզանդական բանակը և գերեց Ռոմանոս Դ Դիոգենես կայսրին։ Այս պարտությունից հետո Բյուզանդիայի արևելյան պաշտպանությունը փլուզվեց, և թյուրքական ցեղերն աստիճանաբար հաստատվեցին Հայկական լեռնաշխարհում և Փոքր Ասիայում։
Ներխուժումներն ուղեկցվում էին ավերածություններով, բնակչության գերեվարմամբ և ծանր հարկերով։ Շատ հայ իշխաններ իրենց հպատակների հետ գաղթեցին Կապադովկիա, Եփրատի ավազան և Կիլիկիա, որտեղ հետագայում ստեղծվեց նոր հայկական պետություն։ Բուն Հայաստանում իշխանությունն անցավ տարբեր տեղական տիրակալների ձեռքը. օրինակ՝ Անին 1072 թվականից կառավարում էին քրդական ծագման Շադդադյան ամիրաները, որոնց օրոք քաղաքը պահպանեց իր առևտրական նշանակությունը։ Սյունիքի հայկական թագավորությունը գոյատևեց մինչև 1170 թվականը, իսկ Տաշիր-Ձորագետի Կյուրիկյանները իրենց տիրույթների մի մասը պահպանեցին ևս երկար ժամանակ։
12-րդ դարում տարածաշրջանում ուժեղացավ Վրաց թագավորությունը։ Դավիթ Դ Շինարարը (1089–1125) պարտության մատնեց սելջուկներին և 1124 թվականին կարճ ժամանակով տիրեց Անիին։ Թամար թագուհու (1184–1213) օրոք վրացական զորքի գլուխ կանգնեցին հայազգի եղբայրներ Զաքարե և Իվանե Զաքարյանները (վրացական աղբյուրներում՝ Մխարգրձելի)։ Զաքարեն դարձավ զորքի գլխավոր հրամանատար՝ ամիրսպասալար, իսկ Իվանեն հետագայում ստացավ աթաբեկի տիտղոսը։ Զաքարեն մնաց Հայ առաքելական եկեղեցու հետևորդ, իսկ Իվանեն ընդունեց վրացական ուղղափառությունը։ 12-րդ դարի վերջին և 13-րդ դարի սկզբին եղբայրներն ազատագրեցին Հյուսիսային և Կենտրոնական Հայաստանի մեծ մասը, այդ թվում՝ Անին (1199), Դվինը և Կարսը։ Նրանց տիրույթները մտնում էին Վրաց թագավորության կազմի մեջ, բայց ունեին լայն ինքնավարություն։
Զաքարյանների հովանու ներքո վերելք ապրեցին նրանց վասալ իշխանական տները՝ Սյունիքի Օրբելյանները, Վայոց ձորի Պռոշյանները, Վաչուտյանները և Արցախի Հասան-Ջալալյանները։ Վերակենդանացան քաղաքները, աշխուժացավ առևտուրը, հարստացավ վաճառականների խավը։ Անիում վաճառական Տիգրան Հոնենցը 1215 թվականին կառուցեց Սուրբ Գրիգոր եկեղեցին, որի ներսը զարդարված է որմնանկարներով։ Արցախում Հասան-Ջալալը կառուցեց Գանձասարի Սուրբ Հովհաննես Մկրտիչ տաճարը (1216–1238), իսկ Դադիվանքի գլխավոր եկեղեցին 1214 թվականին կառուցվեց Արզու Խաթուն իշխանուհու պատվերով։
Այս դարաշրջանում վանքերը դարձան կրթության և գիտության կարևոր կենտրոններ։ Լոռու Հաղպատի և Սանահինի վանքերում գործում էին դպրոցներ, գրչատներ և գրատներ, կառուցվում էին գավիթներ և զանգակատներ։ Գեղարդի վանքի գլխավոր եկեղեցին կառուցվեց 1215 թվականին, իսկ նրա ժայռափոր սրահներն ավելի ուշ՝ 13-րդ դարում, փորվեցին Պռոշյան իշխանների հովանավորությամբ։ Հաղարծինը, Քոբայրը, Ախթալան և Կեչառիսը նույնպես այս շրջանի նշանավոր հուշարձաններ են, որոնցից մի քանիսում պահպանվել են որմնանկարներ, իսկ խաչքարագործությունը հասավ բարձր կատարելության։
Այդ ժամանակի խոշոր մտածողներից էր Մխիթար Գոշը (մոտ 1130–1213)՝ վարդապետ, իրավագետ և առակագիր։ 1184 թվականին նա կազմեց «Դատաստանագիրքը», որտեղ եկեղեցական կանոնների կողքին համակարգված էին աշխարհիկ իրավունքի նորմերը։ Այն հետագայում կիրառվեց Կիլիկիայում և հայկական համայնքներում, իսկ Լեհաստանի հայերի համար թարգմանվեց լատիներեն։ 1188 թվականին Մխիթար Գոշը Տավուշում հիմնեց Նոր Գետիկ վանքը, որը նրա մահից հետո կոչվեց Գոշավանք։ Նրա առակները պարզ լեզվով ներկայացնում են ժամանակի բարոյական և հասարակական պատկերացումները։
Զաքարյանների իշխանության ծաղկումը տևեց մի քանի տասնամյակ։ 1220-ական թվականներին Հայաստանով անցան մոնղոլական առաջին զորաջոկատները, ապա Խորեզմի շահ Ջալալ ադ-Դինի զորքերը, որոնք ավերեցին երկիրը։ 1236 թվականին մոնղոլները գրավեցին Անին, և հայ ու վրացի իշխանները ստիպված ճանաչեցին Մոնղոլական կայսրության գերիշխանությունը։ Այնուամենայնիվ, Զաքարյանների օրոք ստեղծված վանքերը, գրչության կենտրոնները և իրավական ավանդույթը դարձան այն հիմքը, որի վրա հայկական մշակույթը շարունակեց ապրել օտար տիրապետության հետագա դարերում։











